Перець Халапеньйо використовують не тільки як приправу, але і в якості самостійного інгредієнта в страві. Найбільш популярний перець, фарширований м’ясом. Основна кількість капсаїцину міститься в тканинах, які утримують насіння. Видалення перегородок дозволяє сильно зменшити пекучість плода. Іноді фарширований халапеньйо загортають в бекон і запікають.
З перцю також роблять гострі закуски і соуси. З зрілих плодів роблять один з видів соусу «Тобаско».